Características:

Campaña: Todos los 21 duelos de la historia han sido rediseñados para que los mapas reflejen el estilo y deck de los oponentes. La IA también ha sido ajustada para ser más desafiante.

Cartas: Ahora puedes obtener todas las 853 cartas del juego. Muchas cartas de alta calidad se pueden conseguir en la ruleta al final de cada partida.

Decks Iniciales: Los decks iniciales han sido mejorados. Ahora tienen cartas más útiles y de menor costo para facilitar las fusiones.

Fusiones: Se han añadido nuevas combinaciones de fusiones. Ahora, dos cartas específicas crearán un Monstruo específico. También se han incluido nuevos Monstruos Toon.

Sistema de Clasificación/Líder: Ahora es mucho más fácil subir de rango. Puedes hacer que cualquier Monstruo sea un líder si eliminas al Deck Leader enemigo con él. La velocidad para subir de rango es 5 veces más rápida, y todos los Deck Leaders tienen la habilidad «Hidden Card Find».

Censura: Si descargas la versión «Artworks originales sin censura», podrás ver las versiones originales de los artworks y animaciones tal como aparecían en la versión japonesa, puesto que la versión occidental del juego presenta censura en los artworks y animaciones.